Latviski English

Darbības pārskati

Valsts iedzīvotāju genoma datubāzes atskaite par paraugu un ar tiem saistīto datu izmantošanu 2020. gadā.

Kategorija Saraksts
Pētījumi
  • Prettuberkulozes zāļu metabolītu noteikšana asins plazmā, mērķis - metodes izstrāde un validācija. Cilvēka asins plazmas paraugi tika izmantoti kā matrica, kurai pievienoja interesējošās zāļu vielas un to metabolītus. Iegūtos paraugus izmantoja gan metodes izstrādes, validācijas un klīnisko paraugu analīzes laikā.
  • SARS-CoV-2 (COVID-19) eksprestesta izstrāde, mērķis - Izstrādāt SARS-CoV-2 (COVID-19) noteikšanas eksprestestu un veikt tā validāciju. RNS, nazofaringiālo iztriepju paraugi un asins plazmas paraugi tika izmantoti testa izstrādes un validācijas laikā, kā arī pozitīvas/negatīvas kontroles nolūkos. Projekta Nr. VPP-COVID-2020/1-0025, projekta nosaukums - „Jaunās tehnoloģijas Covid-19 pacientu tēmētai monitorēšanai, testēšanai un terapijai (3-T Project)”, īstenošanas periods 01.07.2020.-31.03.2021.
  • “Covid – 19 seku mazināšana” projektā , Nr. VPP-COVID-2020/1-0023 „Covid-19 infekcijas klīniskās, bioķīmiskās, imūnģenētiskās paradigmas, un to korelācija ar sociāli demogrāfiskiem, etioloģiskiem, patoģenētiskiem, diagnostiskiem, terapeitiski un prognostiski nozīmīgiem vadlīnijās iekļaujamajiem faktoriem" (01.07.2020-31.12.2020)
  • ERAF 1.2.1.2. pasākuma projekts Nr. KC-PI-2017/23: Personalizēts krūts vēža molekulārās diagnostikas tests zāļu izvēlei un slimības gaitas novērošanai. Projekta mērķis ir izstrādāt personalizētu krūts vēža molekulārās diagnostikas testu katrai pacientei piemērotāko molekulāri mērķēto zāļu vai imunoterapijas līdzekļu izvēlei, terapijas efektivitātes novērtēšanai ārstēšanas laikā un savlaicīgai recidīvu prognozēšanai.
  • ERAF 1.1.1.1. pasākuma 2. kārtas projekts Nr. 1.1.1.1/18/A/084: Ekstracelulārajās vezikulās ietvertā cilvēka un mikrobioma transkiptoma klīniskā nozīme. projekta galvenais mērķis ir iegūt jaunas zināšanas par vēža pacientu asinīs esošo EV RNS saturu un to izcelsmi, un izpētīt to potenciālo pielietojumu trīs dažādu vēža veidu – prostatas, krūts un kuņģa vēža diagnostikā, prognostikā un agrīnā recidīvu noteikšanā.
  • ERA-NET TRANSCAN-2 projekts: Exploitation of extracellular vesicles for precision diagnostics of prostate cancer. projekta galvenais mērķis ir izstrādāt tehniski un klīniski validētus rīkus prostatas vēža diagnostikai un prognostiskai, balstoties uz cilvēka bioloģiskajos šķidrumos esošo ekstracelulāro vezikulu skaitu un molekulārā satura analīzi.
  • FLPP 0180 „Mitohondriālā DNS mutāciju un variantu ar nezināmu efektu raksturošana un analīze, izmantojot transmitohondriālos citoplazmatiskos hibrīdu šūnu modeļus”. Projekta istenošanā izmanto transmitohondriālos citoplazmatisko hibrīdu šūnu modeļus, lai raksturotu mitohondriālās DNS mutācijas un polimorfismus, analizējot to individuālo ietekmi uz enerģijas metabolismu šūnā, oksidatīvās fosforilēšanas sistēmas efektivitāti un kodola gēnu ekspresiju, ko realizē mitohondriji, izmantojot atgriezenisko regulāciju.
  • ERAF097 “Retu nezināmas izcelsmes neiromuskulāro slimību funkcionālā un ģenētiskā izpēte”. ir veltīts diviem aspektiem: 1) labāk izprast un raksturot nesen atklāto mutanto MYBPC1 proteīnu, tā mijiedarbību ar citiem šūnu partneriem un iesaistīšanos molekulārajos mehānismos, kas ir jauna slimības fenotipa pamatā, un 2) identificēt jaunus ģenētiskos elementus, kas izraisa retas nediagnosticētas neiromuskulārās slimības.
  • ERAF 1.1.1.1/18/A/092 „MiRNS nozīme saimniekorganisma-zarnu mikrobioma mijiedarbībā metformīna terapijas kontekstā uz metabolisma traucējumu fona”. (2019. gada 1. aprīlis – 2022. gada 31. marts) Projekta mērķis ir izpētīt saimniekorganisma miRNS nozīmi metformīna izraisītās zarnu mikrobioma kompozīcijas un funkciju izmaiņās T2D kontekstā un identificēt miRNS paneli, kuru varētu izmantot turpmākos klīniskos pētījumos. Šis projekts radīs plašas zināšanas par saimniekorganisma miRNS un zarnu mikrobioma mijiedarbību T2D un sniegs jaunu informāciju personalizētas T2D terapijas pieeju attīstīšanai vai esošo stratēģiju uzlabošanai.
  • H2020 "Zināšanu un biobankas resursu integrācija metabolo slimību personalizētas profilakses un ārstēšanas attīstībā, izmantojot visaptverošu translācijas pieeju (INTEGROMED)", līguma nr. 857572. (2019. gada 1. oktobris – 2022. gada 30. septembris) INTEGROMED projekta mērķis ir sniegt LBMC iespēju gūt jaunu pieredzi un resursus no izcilām zinātniskām institūcijām, izveidojot pētniecības un inovāciju sadarbības tīklu ar trim starptautiski vadošām organizācijām translācijas medicīnas jomā - Dandī Universitāti, Lundas Universitāti un Veizmana Zinātnes institūtu. INTEGROMED stratēģija ir veicināt izcilību un attīstīt ilgtspējīgu pieeju, kas vērsta uz visiem translācijas medicīnas aspektiem, ieskaitot klīnisko un biobanku resursu optimālu izmantošanu, dažādu -omics pieeju integrēšanu sistēmiskā darbplūsmā, attīstot uz pacientu orientētas pieejas un veicinot uzņēmējdarbību.
  • lzp-2019/1-0225 "Multidisciplinārs pētījums par sadzīvē iegūtas sepses pacientiem izdzīvotājiem Latvijā". (2020. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. decembris). Šajā pētījumā tiks analizētas sepsi pārdzīvojušu personu vajadzības un aprūpes slogs, izmantojot multidisciplināru pieeju un izpētot sociālos, klīniskos un bioloģiskos mehānismus, kas raksturo ilgstošus saslimšanas gadījumus. Pētījuma galvenais mērķis ir iegūt padziļinātu izpratni par pēc sepses izdzīvojušām personām, ieskaitot klīniskos un molekulāros atveseļošanās aspektus. Sekundārie mērķi: 1. Izpētīt vispārējos sepses pacientu aprūpes ceļus un rezultātus, izmantojot PSKUS sepses reģistru un nacionālo datu bāzi. 2. Identificēt pēc sepses izdzīvojušo personu, viņu neoficiālo un formālo aprūpētāju pieredzi un vajadzības atveseļošanās periodā. 3. Analizēt molekulāros datus, izmantojot pacientu asins un fēču paraugus vienu gadu pēc sepses. Šis projekts ir pirmais šāda veida pētījums Latvijā. Tas sniegs padziļinātu izpratni par molekulārajiem, klīniskajiem un sociālajiem procesiem, kas saistīti ar atveseļošanās procesu pēc sepses un ļaus identificēt potenciālos biomarķieru kandidātus.
  • lzp-2019/1-0116 "Cilvēka asins mikrobioma izcelsmes un izmaiņu izpēte un tā saistība ar hroniskajām slimībām". (2020. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. decembris). Šī projekta galvenais mērķis ir noskaidrot cilvēka asins mikrobioma izcelsmi un dinamiku, kā arī tā saistību ar zarnu iekaisumu, lai identificētu uzticamus, uz lielapjoma molekulārajām analīzēm balstītus biomarķierus hronisku slimību agrīnai diagnostikai un monitorēšanai, izmantojot 2. tipa cukura diabētu un kairinātu zarnu sindromu kā slimības modeļus.
  • KC-PI-2020/30 "Dinamiska cilvēka mikrobioma datu platforma un interpretācijas rīks personalizētām veselības rekomendācijām" (1.kārta: 2020. gada 31. marts – 2020. gada 30. septembris; 2.kārta:2020. gada 1. decembris – 2022. gada 30. jūnijs). Projekta galvenais mērķis ir izstrādāt daudzfunkcionālu, uz mākoņresursiem balstītu datu vākšanas un analizēšanas platformu, kas, pamatojoties uz mikrobioma analīzēm un pieejamo, uz pierādījumiem balstīto zinātnisko informāciju, ļautu nodrošināt personalizētas uztura, dzīvesveida un medikamentozās terapijas rekomendāciju iespējas.
  • ERAF 1.1.1.1/19/A/036 "Sekretorā IgA un zarnu mikrobioma mijiedarbība un dinamika antidiabētiskās terapijas laikā" (2020. gada 1. maijs – 2023. gada 30. aprīlis). Projekta mērķis ir izprast sIgA modulējošo iedarbību uz zarnu mikrobiomu, īpaši T2D pacientos, un metformīna lomu šajā procesā, izmantojot klīnisko izpēti cilvēkos un atbilstošu T2D peļu modeli, lai identificētu drošus omics-based biomarķierus ārstēšanas rezultātu prognozēšanai un jaunu ārstēšanas stratēģiju identificēšanai. Lai realizētu mērķi, mēs plānojam veikt pētījumu cilvēku kohortā, izmantojot kvalitatīvus klīniskos resursus, tai skaitā notiekošo OPTIMED pētījumu un Latvijas Valsts iedzīvotāju genoma datu bāzes (VIGDB) resursus. Papildus tam, tiks veikti pētījumi pelēs. Rezultātu iegūšanai tiks izmantotas modernākās mūsdienu tehnoloģijas, tai skaitā uz lielapjoma paralēlo sekvenēšanu balstīta metagenoma un metatranskriptoma analīze, kā arī atlasīto mikrobioma subpopulāciju metabolītu analīze. Projekta rezultātā tiks izprasta ne tikai korelatīva saistība starp sIgA, zarnu mikrobiomu un T2D ārstēšanas efektivitāti, bet arī funkcionālie mehānismi un cēloņsakarības.
  • SIA "Mikrotīkls" atbalstītais un LU Fonda administrētais projekts "Standarta procedūru izstrāde bērnu ļaundabīgo audzēju molekulārai raksturošanai". Iniciatīvas mērķis ir palielināt veselības aprūpes speciālistu un zinātnieku kompetenci bērnu ļaundabīgo audzēju ģenētikā un izveidot perspektīvu uz molekulāro izpēti balstītu prezīcijas medicīnas pieeju pediatriskās onkoloģijas klīniskajā praksē Latvijā. Projekta ietvaros tiks izstrādāta pirmā uz pilna genoma analīzi balstīta (lielapjoma paralēlā sekvenēšana) precīzijas medicīnas platforma, kas uzlabos tradicionālās diagnostikas iespējas un veicinās optimālās terapijas stratēģijas izvēli, tādejādi samazinot terapijas nevēlamos blakus efektus bērnu ļaundabīgo audzēju ārstēšanā.
  • VPP-COVID-2020/1-0016 "COVID-19 saistīto paraugu biobankas un asociēto datu integrētās platformas izveide Latvijā" (2020. gada 1. jūlijs – 2020. gada 31. decembris). Projekta mērķis: Projekta mērķis ir izveidot centralizētu biobanku un datu apmaiņas platformu, veicinot vīrusa izplatības ierobežošanas aktivitātes, jaunu ārstēšanas metožu izstrādi un starptautisku sadarbību.
  • Pētījums: anti-SARS-CoV-2 vakcīnas prototipa pārbaude, iegūto antivielu pseidoneitralizācijas testā pacientu serums tika izmantots kā pozitīvā kontrole. Projekta nr: VPP_0014.
  • Biocodex – PRL/20/10 “Ziemļvalstu diētas ietekme uz zarnu mikrobioma sastāvu, funkcionalitāti un noguruma simptomiem pacientiem ar vieglu un vidēju čūlaino kolītu.” Projekta galvenais mērķis ir novērtēt zarnu mikrobioma sastāvu un funkcionālo profilu, nogurumu un citus klīniskos simptomus čūlainā kolīta pacientiem pirms un pēc neilgas Ziemeļvalstu diētas.
  • Joint Transnational Call for Proposals 2017 (JTC 2017) “Agrīnas diagnostikas un monitoringa algoritma izveide aizkuņģa dziedzera neiroendokrīno audzēju pacientiem” Mērķis: Veidojot audu banku ar ģenētiski raksturotiem audzēju paraugiem un izstrādājot no pacientu paraugiem iegūtus ksenotransplantātus (CDXs, PDXs) un organoīdus, mēs vēlamies noteikt PNET raksturīgos biomarķierus, kas nepieciešami, lai izstrādātu uz nanotehnoloģijām balstītu mikrošķidrumu ierīci un integrētu minimāli invazīvas šķidrās biopsijas tehnoloģiju PNET agrīnai atklāšanai.
  • ERAF 1.1.1.1/18/A/089 „Molekulārie RNS faktori hipofīzes adenomas attīstībā”, Projekta zinātniskais mērķis ir pētīt dažādu ribonukleīnskābju (RNS) marķieru spektra nozīmi hipofīzes adenomas (HA) attīstībā, lai atklātu noteicošos faktorus, kas ietekmē atbildi uz terapiju un slimības iznākumu.
  • lzp-2018/2-0059 “Ārvides un ģenētisko faktoru mijiedarbība vairogdziedzera autoimūno slimību imunoloģiskās attīstības mehānismos” Pētījuma mērķis ir analizēt vairogdziedzera autoimūno slimību ģenētiskās jutības variantus Hašimoto un Greivsa slimības pacientiem, atbilstoši precīzijas medicīnas nostādnēm, lai pētītu mijiedarbību starp noteiktiem ārvides faktoriem (selēna uzņemšanu un statusu, stresu, dzīvesveidu un citiem faktoriem), kas varētu veicināt atšķirīgu T helperu un citokīnu signālceļu darbību.
  • lzp-2018/2-0171 “Ētiski un sociāli atbildīga pētniecības biobanku pārvaldība Latvijā: sabiedrības, donoru un zinātnieku viedokļu analīze” Pētījuma mērķis ir sniegt pienesumu ētiski un sociāli atbildīgai pētniecības biobanku pārvaldībai Latvijā, analizējot vispārējās sabiedrības, donoru un pētnieku viedokļus, bažas un vajadzības.
Publikācijas
  • García-Calzón, S., Perfilyev, A., Martinell, M., Ustinova, M., Kalamajski, S., Franks, P. W., Bacos, K., Elbere, I., Pihlajamäki, J., Volkov, P., Vaag, A., Groop, L., Maziarz, M., Klovins, J., Ahlqvist, E., & Ling, C. (2020). Epigenetic markers associated with metformin response and intolerance in drug-naïve patients with type 2 diabetes. Science translational medicine, 12(561), eaaz1803. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaz1803
  • Elbere I, Silamikelis I, Dindune I.I, Kalnina I, Ustinova M, Zaharenko L, Silamikele L, Rovite V, Gudra D, Konrade I, Sokolovska J, Pirags V, Klovins J. (2020) Baseline gut microbiome composition predicts metformin therapy short-term efficacy in newly diagnosed type 2 diabetes patients. PLoS ONE 15(10): e0241338. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0241338
  • Ustinova, M., Ansone, L., Silamikelis, I., Rovite, V., Elbere, I., Silamikele, L., Kalnina, I., Fridmanis, D., Sokolovska, J., Konrade, I., Pirags, V., & Klovins, J. (2020). Whole-blood transcriptome profiling reveals signatures of metformin and its therapeutic response. PloS one, 15(8), e0237400. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0237400
  • Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, Melidou A, Neher RA, O'Toole Á, Pereyaslov D; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group*. Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Euro Surveill. 2020 Aug;25(32):2001410. PMID: 32794443.
  • Peculis R, Balcere I, Radovica-Spalvina I, Konrade I, Caune O, Megnis K, Rovite V, Stukens J, Nazarovs J, Breiksa A, Kiecis A, Silamikelis I, Pirags V, Klovins J. Case report: recurrent pituitary adenoma has increased load of somatic variants. BMC Endocr Disord. 2020 Jan 29;20(1):17. PMID: 31996211
  • Peculis R, Mandrika I, Petrovska R, Dortane R, Megnis K, Nazarovs J, Balcere I, Stukens J, Konrade I, Pirags V, Klovins J, Rovite V. Pituispheres Contain Genetic Variants Characteristic to Pituitary Adenoma Tumor Tissue. Front Endocrinol (Lausanne). 2020 May 22;11:313. PMID: 32528411
  • Eggermann T, Elbracht M, Kurth I, Juul A, Johannsen TH, Netchine I, Mastorakos G, Johannsson G, Musholt TJ, Zenker M, Prawitt D, Pereira AM, Hiort O; European Reference Network on Rare Endocrine Conditions (ENDO-ERN). Genetic testing in inherited endocrine disorders: joint position paper of the European reference network on rare endocrine conditions (Endo-ERN). Orphanet J Rare Dis. 2020 Jun 8;15(1):144. PMID: 32513286
  • Vedmedovska N, Bokucava D, Kivite-Urtane A, Rovite V, Zake-Nikitina L, Klovins J, Fodina V, Donders GGG. The Correlation Between Abnormal Uterine Artery Flow in the First Trimester and Genetic Thrombophilic Alteration: A Prospective Case-Controlled Pilot Study. Diagnostics (Basel). 2020 Aug 31;10(9):E654. PMID: 32878173
  • Sokolovska J, Stefanovics J, Gersone G, Pahirko L, Valeinis J, Kalva-Vaivode S, Rovite V, Blumfelds L, Pirags V, Tretjakovs P. Angiopoietin 2 and Neuropeptide Y are Associated with Diabetic Kidney Disease in Type 1 Diabetes Mellitus. Exp Clin Endocrinol Diabetes. 2020 Jan 20. PMID: 31958847
  • Zalizko P, Stefanovics J, Sokolovska J, Paramonova N, Klavina E, Erts R, Rovite V, Klovins J, Pukitis A. Thiopurine S-methyltransferase genetic polymorphisms in adult patients with inflammatory bowel diseases in the Latvian population. Therap Adv Gastroenterol. 2020 Jul 14;13:1756284820937426. PMID: 32704308
  • Kamitaki N, Sekar A, Handsaker RE, de Rivera H, Tooley K, Morris DL, Taylor KE, Whelan CW, Tombleson P, Loohuis LMO, Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium; Boehnke M, Kimberly RP, Kaufman KM, Harley JB, Langefeld CD, Seidman CE, Pato MT, Pato CN, Ophoff RA, Graham RG, Criswell LA, Vyse TJ, McCarroll  Complement genes contribute sex-biased vulnerability in diverse disorders. Nature. 2020 Jun;582(7813):577-581. PMID: 32499649
  • Mezinska S, Kaleja J, Mileiko I, Santare D, Rovite V, Tzivian L. Public awareness of and attitudes towards research biobanks in Latvia. BMC Med Ethics. 2020 Jul 31;21(1):65. PMID: 32736554.
  • Nagle E., Luksa N., Moisejevs G., Gailite L. Risk factor analysis for gout in the Latvian population. Proceedings of the Latvian Academy of Sceinces. Sect.B. Vol74(2020) No1 (724, pp.7-11).
Konferenču tēzes
  • Zalizko P, Stefanovics J, Mokricka V, Rovite V, Klovins J, Pukitis A. Thiopurine monitoring in late-onset inflammatory bowel disease patients. Medicina (Kaunas) 2020; 56 (Supplement 1): 28.
  • Diana Araja, Vita Rovite, Anna Terentjeva, Diana Vaidere, Katrine Vecvagare, Ludmila Viksna. ‘COVID-19 and Obesity: Impact of Overweight on Disease Saverity’, starptautiskā zinātniskā konference ’3rd International Conference ’Nutrition & Health’’, ko organizēja Latvijas Universitāte, Rīgas Stradiņa universitāte un Latvijas Lauksaimniecības universitāte, (2020.gada 9.-11.decembris). Book of Abstracts: ISBN 978-9934-18-624-0, E-ISBN 978-9934-18-625-7, 55.-56.lpp., DOI: https://doi.org/10.22364/icnh.3.2020
  • 09.2020. J.Kloviņš "Latvijā cirkulējošo SARS-CoV2 vīrusu genomu īpatnības", mutiska prezentācija RSU Konference ārstiem "Covid un mēs"
  • 07.2020. Ņ.Fomins "IMPACT OF DIETARY MACRONUTRIENTS ON GUT MICROBIOTA TAXONOMY", RSU ISC 2020
  • Rovite, V., Peculis, R., Kaleja, J., Mileiko, I., Santare, D., Mezinska, S. Researchers’ Attitudes, Concerns and Needs Regarding Collaboration with Biobanks in Latvia. ISBER 2020 Virtual Conference.
  • Rovite, S. Mezinska, L. Tzivian, J. Kaleja, I. Mileiko, D. Santare. Public’s awareness of and attitudes towards research biobanks in Latvia: concerns regarding genetic and medical data donation for research. European Human Genetics Virtual Conference 2020.
  • Rovite, V., Peculis, R., Santare, D., Mezinska, S. A quantitative survey of researchers’ attitudes, concerns and needs regarding collaboration with biobanks in Latvia. European Biobank Week 2020 Virtual Conference.
Aizstāvētie studiju darbi
  • Maģistra studijas, Latvijas Universitāte, Ķīmijas fakultāte, LC–MS–MS METODES IZSTRĀDE ČETRU PIRMĀS IZVĒLES PRETTUBERKULOZES ZĀĻU VIELU UN TO GALVENO METABOLĪTU NOTEIKŠANAI CILVĒKA ASINS PLAZMĀ;
  • Maģistra darbs “Characterization of SARS-CoV-2 infection in COVID-19 patients in Latvia”, LU Bioloģijas fakultāte;
  • Maģistra darbs: “Personalizēta krūts vēža molekulārā diagnostikas testa izstrāde individuāli pielāgotai ārstniecības izvēlei un slimības gaitas novērošanai”, aizstāvēts LU Bioloģijas fakultātē, 2020. gada 10. Jūnijā;
  • Maģistra darbs: “DISCOVERY OF EXTRACELLULAR VESICLE – ENCLOSED MICROBIAL RNA IN HUMAN BLOOD AND URINE”, aizstāvēts LU Bioloģijas fakultātē, 2020. gada 10. Jūnijā;
  • Bakalaura studijas programma bioloģijā; Latvijas Universitāte, Bioloģijas fakultāte. "OKSIDATĪVĀS FOSFORILĒŠANAS SISTĒMAS FUNKCIONALITĀTES NOVĒRTĒŠANA, IZMANTOJOT CITOPLAZMATISKO HIBRĪDU ŠŪNU MODEĻUS";
  • Bakalaura darbs: RSU profesionālā bakalaura studiju programmas “Uzturs” bakalaura darbs “Uztura ietekme uz cilvēka zarnu mikrobioma daudzveidību”;
  • Kursa darbs, LU Bioloģijas fakultāte “VAIROGDZIEDZERA AUTOIMŪNO SLIMĪBU ĢENĒTISKO FAKTORU IZPĒTE”;
  • Kursa darbs, LU Bioloģijas fakultāte “AR HIPOFĪZES ADENOMU ATTĪSTĪBU SAISTĪTO KANDIDĀTU MOLEKULĀRO MARĶIERU IZPĒTE GH3 ŠŪNĀS”
Paraugu izsniegšana
  • DNS paraugi - 1938
  • Cita veida paraugi (plazma, serums, uztiepes, fēces, urīns) - 999
Citas aktivitātes

Populārzinātniski raksti:

  • Raksts “OPTIMED un RetroOPTIMED – cukura diabēta pacientu personalizētas ārstēšanas programmas pētījumi Latvijā” žurnālā “Medicus Bonus” Maijs/Jūnijs 2020 (48), 24.-27.lpp.
  • Raksts “"COVID-19 pētniecība Latvijā", žurnālā “Medicus Bonus” Augusts 2020.
  • Raksts “Otrā tipa cukura diabēta terapijas mehānismi un efektivitātes marķieri", žurnālā ''Latvijas ārsts'', Septembris 2020, 74.-79.lpp.
  • Raksts “LATVIJAS NACIONĀLĀ BIOBANKA –Valsts iedzīvotāju Genoma datubāze” žurnālā “Medicus Bonus” Janvāris/Februāris 2020 18.-21.lpp.

Citas aktivitātes:

  • Dalība sarunu festivālā LAMPA ar diskusiju: "Latvijas Mikrobioma projekts — vai esam tam gatavi?", 03.09.2020.
  • Vairāku skolēnu Zinātniski pētniecisko darbu izstrāde
  • Virkne populārzinātnisku aktivitāšu TV, radio, presē - stāstot par rezultātiem, kas iegūti izmantojot VIGDB paraugus, datus un sniegtos pakalpojumus, šajā gadā jo īpaši Covid-19 izpētes kontekstā.

Prezentācijas semināros:

  • Projekta INTEGROMED seminārs, prezentācija: “Ethically and socially responsible governance of research biobanks in Latvia: opinions of donors, researchers and general public” V. Rovīte, S. Mežinska, L. Civjāne, J. Kalēja, R. Pečulis, I. Mileiko, D. Šantare.
  • Seminārs “Ētiski un sociāli atbildīga pētniecības biobanku pārvaldība Baltijas valstīs”, Prezentācija: “Governance of research biobanks   in   Latvia: future perspectives” Vita Rovīte, Signe Mežinska, Liliāna Civjāne, Jekaterina Kalēja, Ilze Mileiko, Daiga Šantare.
  • Novartis Kvalitātes dienas seminārs Baltijas valstīs, prezentācija “Genome Database of Latvian population - QUALITY MANAGEMENT AND COVD19 RESEARCH”.

Valsts iedzīvotāju genoma datubāzes atskaite par paraugu un ar tiem saistīto datu izmantošanu 2019. gadā.

Kategorija Saraksts
Pētījumi
  • ERAF projekts Nr. 1.1.1.1/16/A/211 "Jaunu luminiscentu savienojumu molekulārais dizains diagnostikas mērķiem"; 2017. gada 1.marts - 2020.gada 29. februāris. Izmantoti VIGDB plazmas paraugi no kontrolēm, 2. tipa cukura diabēta un melanomas pacientiem. Mērķis pārbaidīt iespējamo jaunsitezēto fluorescento  savienojumu izmantošanas iespējas diagnostikā. 
  • ERAF projekts Nr. 1.1.1.2/VIAA/1/16/128 “Uzturā lietoto kūpinājumu ietekme uz zarnu mikrobiomu”.Pētījuma galvenais mērķis ir noskaidrot kūpinātu pārtikas produktu ietekmi uz zarnu mikrobioma sastāvu, funkcionālām izmaiņām un šo izmaiņu potenciālo nozīmi metabolisma regulācijā.
  • ERAF projekts Nr. 1.1.1.1/16/A/091 „Metformīna terapijas ietekmējošo faktoru savstarpējās mijiedarbības izpēte 2.tipa cukura diabēta ārstēšanas efektivitātes prognozēšanai”. Projekta mērķis ir raksturot līdz šim maz pētītus faktorus, kas nosaka atbildes reakciju uz metformīna terapiju, nolūkā identificēt medikamenta efektivitāti un panesamību raksturojošus marķierus 2.tipa cukura diabēta (T2D) ārstēšanā.
  • ERA-NET, Joint Transnational Call for Proposals “ Agrīnas diagnostikas un monitoringa algoritma izveide aizkuņģa dziedzera neiroendokrīno audzēju”. Projekta mērķis ir, veidojot audu banku ar ģenētiski raksturotiem audzēju paraugiem un izstrādājot no pacientu paraugiem iegūtus ksenotransplantātus (CDXs, PDXs) un organoīdus, mēs vēlamies noteikt PNET raksturīgos biomarķierus, kas nepieciešami, lai izstrādātu uz nanotehnoloģijām balstītu mikrošķidrumu ierīci un integrētu minimāli invazīvas šķidrās biopsijas tehnoloģiju PNET agrīnai atklāšanai.
  • ERAF projekts Nr. 1.1.1.1/18/A/089 „Molekulārie RNS faktori hipofīzes adenomas attīstībā”. Projekta zinātniskais mērķis ir pētīt dažādu ribonukleīnskābju (RNS) marķieru spektra nozīmi hipofīzes adenomas (HA) attīstībā, lai atklātu noteicošos faktorus, kas ietekmē atbildi uz terapiju un slimības iznākumu.
  • ERAF projekts Nr. 1.1.1.2/VIAA/2/18/287 “Otrā tipa cukura diabēta klīnisko apakštipu identificēšana un farmakoģenētikas pielietojamība personalizētas antidiabētiskās terapijas izstrādē”. Pētniecības zinātniskais mērķis ir veikt 2.tipa diabēta (2TD) pacientu riska grupu identifikāciju un  personalizētas antidiabētiskās terapijas izpēti, veicot liela apjoma ģenētiskās analīzes un datu apstrādi ar jaunākajām datu apstrādes un analīzes metodēm.
  • lzp-2018/2-0088. “Farmakokinētikas matemātiskais modelis metformīna terapijas personalizētai optimizācijai”. Projekta ideja ir apvienot vairāk nekā desmit gadu ilgu medicīnisko un ģenētisko pētījumu pieredzi ar datorzinātņu un informācijas tehnoloģiju speciālistu vairāk nekā desmit gadu pieredzi ar parasto diferenciālo vienādojumu sistēmām, kuru pamatā ir bio-procesu dinamiskā modelēšana. Jau iegūtie eksperimentālie dati no metformīna farmakokinētikas pētījuma kombinācijā ar pieejamo ģenētisko analīžu rezultātiem tiks lietoti metformīna  farmakokinētikas individualizētā dinamiskā mehānisma modeļa parametru noteikšanai.
  • lzp-2018/2-0171 “Ētiski un sociāli atbildīga pētniecības biobanku pārvaldība Latvijā: sabiedrības, donoru un zinātnieku viedokļu analīze”. Pētījuma mērķis ir sniegt pienesumu ētiski un sociāli atbildīgai pētniecības biobanku pārvaldībai Latvijā, analizējot vispārējās sabiedrības, donoru un pētnieku viedokļus, bažas un vajadzības.
  • lzp-2018/2-0059 “Ārvides un ģenētisko faktoru mijiedarbība vairogdziedzera autoimūno slimību imunoloģiskās attīstības mehānismos”. Pētījuma mērķis ir analizēt vairogdziedzera autoimūno slimību ģenētiskās jutības variantus Hašimoto un Greivsa slimības pacientiem, atbilstoši precīzijas medicīnas nostādnēm, lai pētītu mijiedarbību starp noteiktiem ārvides faktoriem (selēna uzņemšanu un statusu, stresu, dzīvesveidu un citiem faktoriem), kas varētu veicināt atšķirīgu T helperu un citokīnu signālceļu darbību.
  • ERAF projekts Nr. 1.1.1.1/16/A/066 “Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes prognozēšanai”. Šī projekta galvenais mērķis ir izpētīt hipofīzes adenomu izveidošanos un progresēšanu nosakošos molekulāros marķierus un identificēt faktorus, kas nosaka klīniskā iznākuma mainību, un būtu pielietojami kā biomarķieri uzlabotai hipofīzes adenomas terapijai.
  • SIA Mikrotīkls finansēts projekts “Standarta procedūru izstrāde bērnu ļaundabīgo audzēju molekulārai raksturošanai”. Projekta ietvaros tiks izstrādāta pirmā uz pilna genoma analīzi balstīta (lielapjoma paralēlā sekvenēšana) precīzijas medicīnas platforma, kas uzlabos tradicionālās diagnostikas iespējas un veicinās optimālās terapijas stratēģijas izvēli, tādejādi samazinot terapijas nevēlamos blakus efektus bērnu ļaundabīgo audzēju ārstēšanā.
  • Apvārsnis 2020, līguma numurs: 857572, “Zināšanu un biobankas resursu integrācija metabolo slimību personalizētas profilakses un ārstēšanas attīstībā, izmantojot visaptverošu translācijas pieeju (INTEGROMED)”. INTEGROMED projekta mērķis ir sniegt LBMC iespēju gūt jaunu pieredzi un resursus no izcilām zinātniskām institūcijām, izveidojot pētniecības un inovāciju sadarbības tīklu ar trim starptautiski vadošām organizācijām translācijas medicīnas jomā - Dandī Universitāti, Lundas Universitāti un Veizmana Zinātnes institūtu. INTEGROMED stratēģija ir veicināt izcilību un attīstīt ilgtspējīgu pieeju, kas vērsta uz visiem translācijas medicīnas aspektiem, ieskaitot klīnisko un biobanku resursu optimālu izmantošanu, dažādu -omics pieeju integrēšanu sistēmiskā darbplūsmā, attīstot uz pacientu orientētas pieejas un veicinot uzņēmējdarbību..
  • Latvijas-Lietuvas -Taivānas sadarbības projekts: Diabētiskās retinopātijas jaunie biomarķieri: ubikvitīna-proteasomu sistēmas gēnu epiģenētiskās izmaiņas, telomēru garums un protesomu koncentrācija, 2019-2021.g.
  • Gut microbiome in diabetic patients at the risk of NAFLD-associated fibrosis - izmantoti iepriekš iegūtie dati no OPTIMED pētījuma, izvērtēta fēču mikrobiota 2 tipa cukura diabēta pacientiem atkarībā no BAAT indeksa, kurš raksturo aknu fibrozes risku.
  • Tuberkulozes zāļu vielu un metabolītu LC-MS/MS noteikšanas metodes izstrāde. Cilvēka asins plazma tiek lietota metodes izstrādei un turpmāk plānots lietot metodes validācijai.
Publikācijas
  • Taylor NJ, Mitra N, Qian L, Avril MF, Bishop DT, Paillerets BB, Bruno W, Calista D, Cuellar F, Cust AE, Demenais F, Elder DE, Gerdes AM, Ghiorzo P, Goldstein AM, Grazziotin TC, Gruis NA, Hansson J, Harland M, Hayward NK, Hocevar M, Höiom V, Holland EA, Ingvar C, Landi MT, Landman G, Larre-Borges A, Mann GJ, Nagore E, Olsson H, Palmer JM, Perić B, Pjanova D, Pritchard AL, Puig S, Schmid H, van der Stoep N, Tucker MA, Wadt KAW, Yang XR, Newton-Bishop JA, Kanetsky PA; GenoMEL Study Group. Estimating CDKN2A mutation carrier probability among global familial melanoma cases using GenoMELPREDICT. J Am Acad Dermatol. 2019 Feb 4. pii: S0190-9622(19)30190-2. doi: 10.1016/j.jaad.2019.01.079.
  • Ozola A, Ruklisa D, Pjanova D. The complementary effect of rs1042522 in TP53 and rs1805007 in MC1R is associated with an elevated risk of cutaneous melanoma in Latvian population. Oncol Lett. 2019 Nov;18(5):5225-5234. doi: 10.3892/ol.2019.10906.
  • Genome-Wide Association Study of Diabetic Kidney Disease Highlights Biology Involved in Glomerular Basement Membrane Collagen. Salem RM, Todd JN, Sandholm N, Cole JB, Chen WM, Andrews D, Pezzolesi MG, McKeigue PM, Hiraki LT, Qiu C, Nair V, Di Liao C, Cao JJ, Valo E, Onengut-Gumuscu S, Smiles AM, McGurnaghan SJ, Haukka JK, Harjutsalo V, Brennan EP, van Zuydam N, Ahlqvist E, Doyle R, Ahluwalia TS, Lajer M, Hughes MF, Park J, Skupien J, Spiliopoulou A, Liu A, Menon R, Boustany-Kari CM, Kang HM, Nelson RG, Klein R, Klein BE, Lee KE, Gao X, Mauer M, Maestroni S, Caramori ML, de Boer IH, Miller RG, Guo J, Boright AP, Tregouet D, Gyorgy B, Snell-Bergeon JK, Maahs DM, Bull SB, Canty AJ, Palmer CNA, Stechemesser L, Paulweber B, Weitgasser R, Sokolovska J, Rovīte V, Pīrāgs V, Prakapiene E, Radzeviciene L, Verkauskiene R, Panduru NM, Groop LC, McCarthy MI, Gu HF, Möllsten A, Falhammar H, Brismar K, Martin F, Rossing P, Costacou T, Zerbini G, Marre M, Hadjadj S, McKnight AJ, Forsblom C, McKay G, Godson C, Maxwell AP, Kretzler M, Susztak K, Colhoun HM, Krolewski A, Paterson AD, Groop PH, Rich SS, Hirschhorn JN, Florez JC; SUMMIT Consortium, DCCT/EDIC Research Group, GENIE Consortium. J Am Soc Nephrol. 2019 Oct;30(10):2000-2016. doi: 10.1681/ASN.2019030218. Epub 2019 Sep 19.
  • Zalizko P, Stefanovics J, Sokolovska J, Paramonova N, Klavina E, Erts R, Rovite V, Klovins J, Pukitis A, Thiopurine S-methyltransferase genetic polymorphisms in adult patients with inflammatory bowel diseases in the Latvian population. Therapeutic Advances in Gastroenterology. (submitted for publication)
  • Stavusis J, Lace B, Schäfer J, Geist J, Inashkina I, Kidere D, Pajusalu S, Wright NT, Saak A, Weinhold M, Haubenberger D, Jackson S, Kontrogianni-Konstantopoulos A, Bönnemann CG. Novel mutations in MYBPC1 are associated with myogenic tremor and mild myopathy. (2019) Ann Neurol. 86 (1), pp. 129-142. PMID: 31025394.
  • Ustinova M, Silamikelis I, Kalnina I, Ansone L, Rovite V, Elbere I, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Aladyeva J, Konrade I, Pirags V, Klovins J. Metformin strongly affects transcriptome of peripheral blood cells in healthy individuals. PLoS One. 2019 Nov 8;14(11):e0224835. doi: 10.1371/journal.pone.0224835. PMID: 31703101; PMCID: PMC6839856.
  • Megnis K, Peculis R, Rovite V, Laksa P, Niedra H, Balcere I, Caune O, Breiksa A, Nazarovs J, Stukens J, Konrade I, Pirags V, Klovins J. Evaluation of the Possibility to Detect Circulating Tumor DNA From Pituitary Adenoma. Front Endocrinol (Lausanne). 2019 Sep 18;10:615. doi: 10.3389/fendo.2019.00615. PMID: 31620080; PMCID: PMC6759656.
  • Hess JL, Tylee DS, Mattheisen M; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium; Lundbeck Foundation Initiative for Integrative Psychiatric Research (iPSYCH), Børglum AD, Als TD, Grove J, Werge T, Mortensen PB, Mors O, Nordentoft M, Hougaard DM, Byberg-Grauholm J, Bækvad-Hansen M, Greenwood TA, Tsuang MT, Curtis D, Steinberg S, Sigurdsson E, Stefánsson H, Stefánsson K, Edenberg HJ, Holmans P, Faraone SV, Glatt SJ.. A polygenic resilience score moderates the genetic risk for schizophrenia. Mol Psychiatry (2019) doi:10.1038/s41380-019-0463-8.
  • Huckins LM, Dobbyn A, Ruderfer DM, Hoffman G, Wang W, Pardiñas AF, Rajagopal VM, Als TD, T Nguyen H, Girdhar K, Boocock J, Roussos P, Fromer M, Kramer R, Domenici E, Gamazon ER, Purcell S; CommonMind Consortium; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium; iPSYCH-GEMS Schizophrenia Working Group, Demontis D, Børglum AD, Walters JTR, O'Donovan MC, Sullivan P, Owen MJ, Devlin B, Sieberts SK, Cox NJ, Im HK, Sklar P, Stahl EA. Gene expression imputation across multiple brain regions provides insights into schizophrenia risk. Nat Genet 51, 659–674 (2019) doi:10.1038/s41588-019-0364-4.
  • Harold D, Connolly S, Riley BP, Kendler KS, McCarthy SE, McCombie WR, Richards A, Owen MJ, O'Donovan MC, Walters J; Wellcome Trust Case Control Consortium 2; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Donohoe G, Gill M, Corvin A, Morris DW. Population-based identity-by-descent mapping combined with exome sequencing to detect rare risk variants for schizophrenia. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2019 Apr;180(3):223-231. doi: 10.1002/ajmg.b.32716. Epub 2019 Feb 23. PMID: 30801977
  • IX Latvijas Gastroentroloģijas kongresa tēžu grāmata, Association between risk of liver fibrosis and the composition of faecal microbiota in type 2 diabetes mellitus patients with NAFLD,  Ilze Birka, Ilze Elbere, Aiga Stāka, Linda Zaharenko, Vita Rovīte, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš
Konferenču tēzes
  • Zalizko P, Stefanovics J, Erts R, Rovite V, Klovins J, Pukitis A. Use of TPMT genotyping for evaluation of thiopurines toxicity risk in late-onset IBD patients. UEG Week 2019, Barcelona, Spain, October 21-23, 2019.
  • Zalizko P, Stefanovics J, Erts R, Rovite V, Klovins J, Pukitis A. Unexplained higher frequency of mutant TPMT genotypes in IBD patients of Latvia population. European Crohn’s and Colitis Organisation Congress, Inflammatory Bowel Diseases 2019, Copenhagen, Denmark, March 6-9, 2019.
  • Zalizko P, Stefanovics J, Sokolovska J, Paromonova N,  Erts R, Mokricka V, Rovite V, Klovins J, Pukitis A. The prevalence of polymorphisms of thiopurine methyltransferase gene in Latvian population of inflammatory bowel disease patients. International Scientific Conference on Medicine at University of Latvia, Riga, Latvia, February 22, 2019.
  • Zalizko P, Stefanovics J, Erts R, Rovite V, Klovins J, Pukitis A. TPMT genotype polymorphism of selected IBD population in Latvia. World Gastroenterology Organisation International Conference, Global Perspectives in Gastroenterology, Bangkok, Thailand, December 5-8, 2018, p.50.
  • Elbere I., Klovins J., Ustinova M., Silamikelis I., Konrade I., Pirags V. “Metformin mediated gut microbiome modulation in T2D patients and controls induces specific changes in bacterial content”. International Diabetes Federation Congress 2019, poster presentation. Busan, Korea, December 2nd-6th, 2019.
  • Ilze Elbere, Ilze Izabella Dindune, Ineta Kalnina, Ivars Silamikelis, Ilze Konrade, Liene Gulbinska, Monta Ustinova, Linda Zaharenko, Ilze Radovica-Spalvina, Davids Fridmanis, Dita Gudra, Valdis Pirags, Janis Klovins. Association of type 2 diabetes mellitus and metformin pharmacodynamics with the human gut microbiome composition. Metabolic Pathway Analysis 2019. Poster presentation. Riga, Latvia, August 12th-16th, 2019.
  • Ilze Elbere, Ilze Izabella Dindune, Ineta Kalniņa, Ivars Silamiķelis, Liene Gulbinska, Ilze Konrāde, Linda Zaharenko, Ilze Radoviča-Spalviņa, Monta Ustinova, Dāvids Fridmanis, Dita Gudrā, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš. Functional profile of the gut microbiome and its changes during metformin therapy in healthy individuals and newly-diagnosed type 2 diabetes patients. FEBS3+ Conference. Oral presentation. Riga, Latvia, June 17th-19th 2019.
  • Ilze Elbere, Ilze Izabella Dindune, Ineta Kalniņa, Ivars Silamiķelis, Liene Gulbinska, Ilze Konrāde, Linda Zaharenko, Ilze Radoviča-Spalviņa, Monta Ustinova, Dāvids Fridmanis, Dita Gudrā, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš. Otrā tipa cukura diabēta un metformīna farmakodinamikas saistība ar cilvēka zarnu mikrobioma kompozīciju. LU 77.starptautiskā zinātniskā konference (Latvijas Universitātes fonda mecenātu atbalstīto doktorantūras studiju programmas stipendiātu zinātniskā sesija). Mutiska prezentācija. Rīga, Latvija, 29.03.2019.
  • Monta Ustinova, Ivars Silamiķelis, Ineta Kalniņa, Laura Ansone, Vita Rovīte, Ilze Elbere, Ilze Radoviča-Spalviņa, Dāvids Fridmanis, Jekaterina Aladyeva, Ilze Konrade, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš. Metformīna ierosinātas izmaiņas gēnu ekspresijas profilos veselās personās. LU 77.starptautiskā zinātniskā konference (Latvijas Universitātes fonda mecenātu atbalstīto doktorantūras studiju programmas stipendiātu zinātniskā sesija). Mutiska prezentācija. Rīga, Latvija, 29.03.2019.
  • Monta Ustinova, Ivars Silamiķelis, Ineta Kalniņa, Laura Ansone, Vita Rovīte, Ilze Elbere, Ilze Radoviča-Spalviņa, Dāvids Frīdmanis, Jekaterina Aladyeva, Ilze Konrāde, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš. Metformin-induced alterations of human blood cell transcriptome. FEBS3+ Conference. Oral presentation. Riga, Latvia, June 17th-19th 2019.
  • Ilze Birka, Ilze Elbere, Aiga Stāka, Linda Zaharenko, Vita Rovīte, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš “Gut microbiome in diabetic patients at the risk of NAFLD-associated fibrosis”, International Scientific conference on Medicine at the University of Latvia 2019. Oral presentation.
  • Rovite V., Zaharenko L., Fridmanis D., Klovins J. “Strategic financial sustainability planning for biobank in Latvia”, European Biobank Week, poster presentation. Lubeck, Germany. October 6-11th, 2019.
  • Pola Ļaksa, Kaspars Megnis, Vita Rovīte, Raitis Pečulis, Inga Balcere, Andra Valtere, Ilze Konrāde, Jānis Stuķēns, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš. “Transcriptome analysis of acromegaly patients with and without medical therapy”, Cell signaling in tumor biology, poster presentation. Krakow, Poland. July 6-11th, 2019.
  • Vita Rovite, Raitis Peculis, Ilona Mandrika, Ramona Petrovska, Kaspars Megnis, Inga Balcere, Jānis Stuķēns, Ilze Konrāde, Austra Breiksa, Jurijs Nazarovs, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš. “Tracing origin of cultured pituitary adenoma cells using “omics” analysis”. European Congress of Human Genetics, poster presentation. Gotheburg, Sweden. June 14-16th, 2019.
  • Niedra H., Megnis K., Peculis R., Rovite V., Balcere I., Konrade I., Stukens J., Pirags V., Klovins Detection of adenoma derived circulating cell-free DNA of human pituitary adenoma using semiconductor sequencing. 52nd European Society of Human Genetics Congress, Poster presentation. Gothenburg, Sweden. June 15-18, 2019.
  • Pečulis, V. Rovīte, H. Niedra, I. Balcere, J. Nazarovs, J. Stuķēns, I. Konrāde, V. Pīrāgs, J. Kloviņš, Exome sequencing of non-functioning pituitary adenomas reveal tumors with high amount of somatic mutations and previously reported genes, European Human Genetics Conference 2019, poster presentation, Gothenburg, Sweden, June 15-18, 2019.
  • Vita Rovite, Raitis Peculis, Ilona Mandrika, Ramona Petrovska, Kaspars Megnis, Inga Balcere, Jānis Stuķēns, Ilze Konrāde, Austra Breiksa, Jurijs Nazarovs, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš “Exome analysis of pituitary adenoma tissue derived cell cultures”, European Congress of Endocrinology, poster presentation. Lion, France. May 17-25th, 2019.
  • Raitis Pečulis, Kaspars Megnis, Vita Rovīte, Pola Ļaksa, Helvijs Niedra, Inga Balcere, Jurijs Nazarovs, Jānis Stuķēns, Ilze Konrāde, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš, Detection of pituitary adenoma specific circulating tumour DNA using semiconductor sequencing, ECE2019 21st European Congress of Endocrinology, poster presentation, Lyon, France, May 18-21, 2019.
  • Inga Balcere, Raitis Peculis,  Ilze Radovica-Spalvina, Ilze Konrade, Mihails Romanovs, Aigars Kiecis, Kaspars Megnis, Vita Rovite, Aivars Lejnieks, Janis Klovins, Increased load of somatic mutation in association with more aggressive growth and recurrence of pituitary adenoma, RSU Conference 2019, oral presentation, Riga, Latvia, April 1-3, 2019.
Studiju darbi
  • Doktora darbs, Latvijas Universitāte, Bioloģijas fakultāte, „Melanomas predispozīcijas gēni Latvijas populācijā” (Melanoma predisposition genes in the Latvian population). Aizstāvēts 2019. gada 18. janvārī.
  • Doktorantūras darbs, Latvijas Universitātes, Medicīnas fakultāte,"Unificēta terapeitiskā zāļu uzraudzības modeļa izveide, pielietojot imunoloģiskās, farmakoģenētikas un morfoloģiskās metodes pacientiem ar iekaisīgām zarnu slimībām." Personalizētas terapijas pielietošana pacientiem ar čūlainu kolītu un Krona slimību, kuriem nepieciešama imūnsupresīva terapija. Individuāls skrīnings pirms tiopurīnu terapijas uzsākšanas, nosakot tiopurīnu metabolisma enzīmu aktivitāti vai polimorfismus.
  • Ārstniecības programma, LU Medicīnas fakultāte, 6. kurss. "Metformīna farmakoģenētika"
  • Maģistra darbs: Comparative analysis of transcriptome in matched tumour tissues and extracellular vesicles from biofluids of prostate cancer patients. LU Bioloģijas fakultāte, 2019.
  • Maģistra darbs Latvijas Universitāte, Bioloģijas fakultāte, "Ar prettuberkulozes zāļu lietošanu saistīto blakusparādību molekulāro mehānismu izpēte"(darba nosaukums vēl var mainīties).
  • Bakalaura darbs, LU Bioloģijas fakultāte, “MODY ģenētisko riska faktoru analīze Latvijas populācijā”.
  • Bakalaura darbs, LU Bioloģijas fakultāte, “Metformīna ierosinātas izmaiņas gēnu ekspresijas profilos otrā tipa cukura diabēta pacientos”.
  • Bakalaura darbs, LU Bioloģijas fakultāte, “Transkriptoma analīze akromegālijas pacientiem ar un bez medikamentozās terapijas”.
  • Bakalaura darbs, LU Bioloģijas fakultāte, “Ārpusšūnu cirkulējošā nukleīnskābju izpēte hipofīzes adenomas pacientos”.
  • Bakalaura darbs, LU Bioloģijas fakultāte, “Visa genoma asociācija identificē ģenētiskos marķierus, kas saistīti ar hipofīzes adenomas risku un fenotipu”.
Paraugu izsniegšana
  • DNS paraugi - 1472
  • Plazmas un seruma alikvotas - 464
Citas aktivitātes
  • BBMRI-LV nacionālā mezgla darbības ietvaros rīkots seminars “Biobankas – ilgtspējīgs resurss sabiedrības veselības veicināšanai”.
  • Balstoties uz VIGDB resursiem tiek veidoti jauni zinātnisko projektu pieteikumi.
  • Dalība LDUSA un BIOR seminārā uztura speciālistiem par zarnu mikrobiomu ar lekciju “Medikamentu terapijas, T2D un uztura ietekme uz cilvēka zarnu mikrobiomu – aktuālie pētījumi LV BMC”.
  • Dalība radio raidījumā “Zināmais nezināmajā”.
  • Piedalīšanās starptautiskā laboratoriju testēšanas programmā, kurā iegūts augstākais iespējamais novērtējums par mikrobiālā DNS izdalīšanu no fēcēm.
  • Dalība Roche organizētā seminārā, kur līdzšinējā Genoma datubāzes darbība prezentēta farmācijas industrijas pārstāvjiem.
  • Dalība ēnu dienā 2019. gada, februārī.
  • Skolēnu ekskursijas Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē, Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centra ekskursiju ietvaros.
  • Pētījumos iegūtie dati tiek izmantoti skolēnu Zinātniski pētniecisko darbu (ZPD) izstrādē.
  • Eiropas Zinātnieku nakts 2019 aktivitāte "Kļūt par izmēģinājuma trusīti vai kā ielikt sevi biobankā?" Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā.

 

Valsts iedzīvotāju genoma datubāzes atskaite par paraugu un ar tiem saistīto datu izmantošanu 2018. gadā.

Kategorija Saraksts
Pētījumi
  • ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/091  „ Metformīna terapijas ietekmējošo faktoru savstarpējās mijiedarbības izpēte 2.tipa cukura diabēta ārstēšanas efektivitātes prognozēšanai”. Projekta mērķis ir raksturot līdz šim maz pētītus faktorus, kas nosaka atbildes reakciju uz metformīna terapiju, nolūkā identificēt medikamenta efektivitāti un panesamību raksturojošus marķierus 2.tipa cukura diabēta (T2D) ārstēšanā. Projekta ietvaros tiek veikta veselu brīvprātīgo indivīdu asins paraugu transkriptoma sekvenēšana un iegūto sekvenēšanas datu analīze, lai identificētu metformīna ietekmē diferenciāli ekspresētus gēnus un ar tiem saistītos signālceļus.  
  • ERAF 1.1.1.1/16/A/066 "Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes prognozēšanai", 2017. gada 1. janvāris - 2019. gada 31. decembris. Šī projekta galvenais mērķis ir izpētīt hipofīzes adenomu izveidošanos un progresēšanu nosakošos molekulāros marķierus un identificēt faktorus, kas nosaka klīniskā iznākuma mainību, un būtu pielietojami kā biomarķieri uzlabotai hipofīzes adenomas terapijai.

  • Melanomas metastāžu un sekundāro audzēju attīstības ģenētiskie marķieri (GENMEL); GENMEL Z/15/1285 - PRL15/15; 2015. gada 1. maijs – 2018. gada 31. oktobris. Projekta mērķis ir identificēt ģenētiskās izmaiņas, kuras varētu būt saistītas ar metastāžu un sekundāro audzēju veidošanos asimptomātiskos pacientos pēc primārās melanomas ķirurģiskas ārstēšanas, izmantojot progresīvas gēnu analīzes metodes. Projektā paredzēts, izmantojot eksomu sekvenēšanu un visa genoma retroelementu analīzi, noteikt ģenētiskās izmaiņas melanomas audos un asinīs pacientiem ar un bez metastāzēm, kā arī validēt atrastās izmaiņas pēc iespējas lielākā paraugu kopā, kā rezultātā tiks atrasti ģenētiskie marķieri, ar kuru palīdzību būs iespējams identificēt melanomas pacientus ar paaugstinātu metastāžu vai atkārtotas melanomas attīstības risku.

  • Jaunu luminiscentu savienojumu molekulārais dizains diagnostikas mērķiem; ERAF projekts Nr.211; 2017. gada 1.marts - 2020.gada 29. februāris. Projekta mērķis ir pārbaudīt dažādas jaunsintezētas fluorescentas krāsvielas diagnostikas nolūkos. Projektā paredzēts pārbaidīt fluorescento krāsvielu spektrālās īpašības tām saistoties ar plazmas albumīnu, kā arī piesaistoties pie šūnās membrānas normas un dažādu patoloģiju gadījumā.

  • VPP "Biomedicīna sabiedrības veselībai” (BIOMEDICINE), Projekts: Nr.2 „Diabēta un kardiovaskulāro komplikāciju molekulārie mehānismi, farmakoģenētika un jauni ārstniecības līdzekļi”, apakšprojekts 2.8. Projekta mērķis: Attīstīt zinātnisko kompetenci sabiedrības veselības nozarē, veicot iedzīvotāju veselības paradumu, klīniskos un biomedicīnas pētījumus, kā arī izstrādāt jaunus diagnostikas un ārstniecības līdzekļus un metodes, lai panāktu uzlabojumus diabēta komplikāciju ārstēšanā un profilaksē, kas nodrošinātu sabiedrības veselības stāvokļa uzlabošanos, tai skaitā mazinātu saslimstību un mirstību.

  • 1.1.1.1/16/A/016 SAM projekts: "Ar proteasomām saistīto multiplās sklerozes ģenētisko, epiģenētisko un klīnisko marķieru noteikšana". Projekta mērķis ir iegūt jaunas zināšanas par ģenētisko, genomisko un klīnisko proteasomu nozīmi MS patoģenēzē un gūt zināšanas un prasmes medicīniskam un farmakogenomiskam pielietojumam (2017. - 2020.). Plānotie rezultāti: jaunas zināšanas par proteasomu ģenētisko, genomisko un klīnisko nozīmi MS patoģenēzē un atbildes reakcijā uz ārstēšanu, jaunu ar proteasomām saistītu ģenētisku, epiģenētisku un klīnisku MS marķieru izveide, ko potenciāli varētu izmantot MS riska, prognozes un terapijas efektivitātes novērtēšanā, kā arī iegūtas zināšanas un prasmes tālākam medicīniskam un farmakogenomiskam pielietojumam personalizētās medicīnas attīstībā.

  • Unificēta terapeitiskā zāļu uzraudzības modeļa izveide pacientiem ar iekaisīgām zarnu slimībām (IZS), pielietojot imunoloģiskās, molekulārās bioloģijas un morfoloģijas metodes. Mērķis ir veikta tiopurīna metiltransferāzes polimorfismu noteikšana IZS pacientiem. Atbalsts no LU Fonda Mikrotīka stipendijas.

  • Pētījuma nosaukums "Klīniskais un imunoģenētiskais raksturojums pacientiem ar reimatisko drudzi Latvijā". Darba mērķis ir izpētīt reimatiskā drudža pacientu imunoģenētisko predispozīciju klīniski homogēnās grupās. Pētījumā iekļauti pacienti, kuri saslima ar reimatisko drudzi vecumā līdz 18 gadiem Latvijā no 1995. līdz 2016. gadam. Izpētītas RD epidemioloģiskās, klīniskās un laboratoriskās īpatnības, veikta DNS ekstrakcija un citokīnu gēnu (IL-10, IL-6) viena nukleotīda polimorfismu, TLR gēnu promoteru polimorfismu noteikšana un HLA II klases alēļu  genotipēšana RD pacientiem un kontroles grupai. HLA II klases alēļu  genotipēšana veikta ar Roshe akadēmijas finansiālo atbalstu.

  • Kristapa Lamstera pētniecības pieteikums Nr. 1.1.1.2/VIAA/1/16/118 , kas tiek finansēts no specifiskā atbalsta mērķa 1.1.1.2. pasākuma “Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts” ERAF projekta 1.1.1.2/16/I/001. Pētniecības projekta mērķis ir izpētīt zemledāja un ledāja malas veidojumus un procesus Skandināvijas ledusvairoga ārējās zonas dienvidu sektorā un mūsdienu ledājos Antarktikā, Grenlandē un Islandē. Ar VIGDB starpniecību veikta Islandes ezeru nogulumos sastopamo mikroorganismu identifikācija, izmantojot lielapjoma paralēlo sekvenēšanu.

  • Iedzimtu hiperholesterinēmiju izraisošo mutāciju noskaidrošana LDLR, APOB, PCSK9 un LDLRAP1 gēnos 21 hiperholesterinēmijas pacientam Latvijā. Izmantotie VIGDB resursi: gan DNS paraugi, gan lielapjoma paralēlā sekvencēšana.

  • Citi pētījumi: "Ar novecošanos saistītu molekulāro mehānismu izpēte labdabīgās prostatas hiperplāzijas attīstībā", "Ar novecošanos saistītu acu slimību ģenētisko faktoru izpēte", "Podagras ģenētiskie aspekti", "Reimatoīdā artrīta ģenētiskie apekti", "Neauglības ģenētiskie aspekti".

Publikācijas
  • Ozola A., Ruklisa D., Pjanova D. Association of the 16q24.3 region gene variants rs1805007 and rs4785763 with heightened risk of melanoma in Latvian population. Meta Gene (2018) 18:87-92.
  • Grasmane A., Rots D., Vitina Z, Magomedova V, Gailite L. The association of FMR1 gene (CGG)n variation with idiopathic female infertility.Archives of Medical Sciences (pieņemts publikācijai 2018,gadā, publicēšana 2019/2020 gadā).
  • Gailite, L., Rots, D., Pukite, I., Cernevska, G., Kreile, M. Case report: multiple UGT1A1 gene variants in a patient with Crigler-Najjar syndrome. BMC Pediatrics, Volume 18, Issue 1, 3 October 2018, 317. doi: 10.1186/s12887-018-1285-6.
  • Moisejevs G., Gailite L., Isajevs S., Nikitina Zake L., Kempa I., Janciauskis D., Kikuste I., Sivins A., Ancans G., Leja M. Lack of association between rs2067474 in the histamine receptor H2 gene and gastric cancer in Latvian population. Latvian Science Proceedings (pieņemts publicēšanai).
  • Elbere I, Silamikelis I, Ustinova M, Kalnina I, Zaharenko L, Peculis R, Konrade I, Ciuculete DM, Zhukovsky C, Gudra D, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Pirags V, Schiöth HB, Klovins J 2018. Significantly altered peripheral blood cell DNA methylation profile as a result of immediate effect of metformin use in healthy individuals. Clinical Epigenetics DOI: 10.1186/s13148-018-0593-xiT scalled.
  • Ustinova M, Silamikelis I, Elbere I, Kalnina I, Ansone L, Rovite V, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Aladyeva J, Konrade I, Pirags V, Klovins J. Metformin Strongly Affects Transcriptome of Peripheral Blood Cells in Healthy Individuals” (Iesniegta publicēšanai Scientific Reports).
  • Elbere I, Kalnina I, Silamikelis I, Konrade I, Zaharenko L, Sekace K, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Gudra D, Pirags V, Klovins J. (2018) Association of metformin administration with gut microbiome dysbiosis in healthy volunteers. PLoS ONE 13(9): e0204317.
  • Tambets K, Yunusbayev B, Hudjashov G, Ilumäe AM, Rootsi S, Honkola T, Vesakoski O, Atkinson Q, Skoglund P, Kushniarevich A, Litvinov S, Reidla M, Metspalu E, Saag L, Rantanen T, Karmin M, Parik J, Zhadanov SI, Gubina M, Damba LD, Bermisheva M, Reisberg T, Dibirova K, Evseeva I, Nelis M, Klovins J, Metspalu A, Esko T, Balanovsky O, Balanovska E, Khusnutdinova EK, Osipova LP, Voevoda M, Villems R, Kivisild T, Metspalu M. Genes reveal traces of common recent demographic history for most of the Uralic-speaking populations. Genome Biol. 2018 Sep 21;19(1):139.
  • Ni G, Gratten J, Wray NR, Lee SH; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Age at first birth in women is genetically associated with increased risk of schizophrenia. Sci Rep. 2018 Jul 5;8(1):10168.
  • Brainstorm Consortium; Analysis of shared heritability in common disorders of the brain. Science. 2018 Jun 22;360(6395).
  • Bipolar Disorder and Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Genomic Dissection of Bipolar Disorder and Schizophrenia, Including 28 Subphenotypes. Cell. 2018 Jun 14;173(7):1705-1715.
  • Ni G, Moser G; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Wray NR, Lee SH. Estimation of Genetic Correlation via Linkage Disequilibrium Score Regression and Genomic Restricted Maximum Likelihood. Am J Hum Genet. 2018 Jun 7;102(6):1185-1194.
Konferenču tēzes
  • TPMT genotype polymorphism of selected IBD population in Latvia. WGO-GAT International Conference 2018, Bangkok, Thailand from 5th December to 8th December 2018. Authors: Polina Zalizko, Juris Stefanovics, Renars Erts, Vita Rovite, Janis Klovins, Aldis Pukitis.
  • Visnevska, V. Stanevica, V. Rovite, Z. Davidsone, A. Scegolevs, R. Shantere. Toll-like receptor 2 (TLR2) Arg753Gln and Toll-like receptor 4 (TLR4) Thr399Ile polymorphisms in children with rheumatic fever in Latvia - Proceedings of the 24th Paediatric Rheumatology European Society Congress: Part two Athens, Greece. 14-17 September 2017
  • Ozola A., Krūmiņa U., Verhovcova I., Pjanova D. Melanomas pacientu analīze Latvijā, izmantojot HaloPlexTM melanomas riska gēnu paneli un Ion TorrentTM sekvenēšanu. 76. Latvijas Universitātes konference, Molekulārās bioloģijas sesija. Rīga, Latvija, 02.02.2018. Mutiska prezentācija.

  • Ozola A., Verhovcova I., Pjanova D. Multiplex germline testing of melanoma cases in Latvia suspected to genetic predisposition. The 15th International Congress of the Society for Melanoma Research. October 24-27, 2018, Manchester, England. Abstract book, p 56. 

  • Pjanova D “Melanoma predisposition genetics and use of HaloPlex platform to assess mutations in high risk genes in Latvian population. XIV Baltic Congress of Laboratory Medicine, Viļņa, Lietuva, 10.05.-12.05.2018. Mutiska prezentācija.

  • Pjanova D, Leve I “ABM zondes spektrālās atšķirības normālos cilvēka fibroblastos un melanomas šūnās”, informatīvais seminārs par projektu „Jaunu luminiscentu savienojumu molekulārais dizains diagnostikas mērķiem”, Daugavpils, Latvija, 23.05.-25.05.2018.

  • Semanur Gündogdu, Ilze Birka, Valdis Pīrāgs, Linda Zaharenko, Ilze Elbere, Vita Rovīte, Jānis Kloviņš. CORRELATION OF FAECAL MICROBIOTA WITH LIVER STEATOSIS RISK FACTORS IN PATIENTS WITH NONINSULIN DEPENDENT DIABETES MELLITUS, Latvijas Universitātes starptautiskā zinātniskā konference 2018, Rīga, Latvija, International Scientific Conference on Medicine University of Latvia Riga, February 23, 2018, Book of Abstracts, p 56.

  • Nagle E., Rots D., Luksa N., Moisejevs G., Gailīte L. Why gout develops in some people but in others it does not? The VII Baltic Genetics Congress, 2018, Riga, Abstract book, p.232.

  • Grasmane A., Gailite L., Vitina Z., Magomedova V. IS IT NECESSARY TO ASSESS FMR1 GENE (CGG)N VARIATION IN FEMALE PATIENTS WITH IDIOPATHIC INFERTILITY? RSU International Students Scientific conference, 2018, Riga, Abstract book p., 82.

  • M .Ustinova, I. Silamiķelis, I. Elbere, I. Kalniņa, L. Zaharenko, R. Pečulis, I. Konrāde, V. Pīrāgs, J. Kloviņš. Metformin induces alterations in transcriptome profile of helathy individuals. Eiropas cilvēka ģenētikas asociācijas konference, Milāna, Itālija, 2018, stenda referāts.

  • M .Ustinova, I. Silamiķelis, I. Elbere, I. Kalniņa, L. Zaharenko, R. Pečulis, I. Konrāde, V. Pīrāgs, J. Kloviņš. Metformin-induced alterations in transcriptome profile of helathy individuals. Eiropas Diabēta pētniecības asociācijas konference, Berlīna, Vācija, 2018, stenda referāts.

  • Elbere, I. Kalnina, I. Silamikelis, I. I. Dindune, L. Gulbinska, L. Zaharenko, I. Radovica-Spalvina, D. Gudra, D. Fridmanis, I. Konrade, V. Pirags, J. Klovins. Metformin induced changes in gut microbiome composition in healthy individuals and newly-diagnosed type 2 diabetes patients. European Human Genetics Conference, Milan, Italy, 2018, abstract book.

  • Ilze I. Dindune, Ilze Elbere, Ineta Kalnina, Ivars Silamikelis, Ilze Konrade, Ilze Radovica-Spalvina, Dita Gudra, Valdis Pirags, Janis Klovins. The Effect of the Antidiabetic Drug Metformin on the Human Gut Microbiome’s Functional Profile.